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深圳市太空科技南方研究院基于深圳市人民政府与中国航天员科研训练中心签订的《战略合作框架协议》而设立。其宗旨是依靠政府的支持、资助，搭建国家级的创新平台；拓展国际合作，整合创新资源；依托机制创新，推进载人航天技术成果产业化应用。
研究院的举办者为太空科技南方中心和深圳太空科技有限公司，定位为主要利用非国有资产、举办者自愿举办、从事非营利性社会服务活动的社会组织。主要开展载人航天相关技术的研究开发、成果转化、科普教育和国际合作等业务，侧重于应用研究和民用转化研究，航天员中心作为我国载人航天工程重要科研机构，通过40多年的科研创新和技术积累，在相关领域特别是生命保障与健康医学等方面具有极好的应用转化空间。研究院将成为航天员中心除北京本部之外开展应用技术科研、科技成果转化、科普教育及国际合作的唯一综合性平台。
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